Auditoría de la Contraloría al INCOFER sobre gobernanza y visión estratégica: hallazgos y disposiciones (DFOE-CIU-IAD-00002-2026)

La Contraloría General de la República (CGR) auditó la capacidad de gestión del Instituto Costarricense de Ferrocarriles (INCOFER) en materia de gobernanza y visión estratégica. La CGR concluye que existen incumplimientos no generalizados pero significativos del marco normativo y técnico aplicable en aspectos clave de gobernanza, seguimiento del Plan Estratégico Institucional (PEI 2025-2029), estructura organizativa, modelos tarifarios y gestión de permisos de uso sobre activos ferroviarios. La CGR emite seis disposiciones obligatorias con responsables y plazos concretos que el INCOFER debe acreditar ante el Área de Seguimiento para la Mejora Pública de la CGR.

El documento oficial contiene dos referencias distintas al periodo cubierto. En la portada y en varias secciones se indica que la auditoría abarca del 1° de enero de 2025 al 31 de marzo de 2026. En el apartado de Alcance se señala que "El período abarca del 01 de enero de 2025 al 31 de diciembre de 2025, el cual se ampliará cuando se considere necesario." La evidencia presenta ambas formulaciones; con solo ese texto no es posible elegir entre ellas.

Actualmente el INCOFER ofrece servicios de transporte de pasajeros en tres rutas dentro de la Gran Área Metropolitana (Curridabat-Belén, San José-Cartago, San José-Alajuela). El transporte de mercancías está limitado, al momento descrito, a lingotes de acero para fabricación de varillas en la Zona Atlántica. El INCOFER genera ingresos por tarifas de pasajeros y carga y puede conceder permisos de uso de sus bienes inmuebles a privados, cobrando un canon como contraprestación.

Principales hallazgos de la CGR: Seguimiento del PEI 2025-2029: El Consejo Directivo no efectuó un seguimiento activo ni giró directrices correctivas sobre el avance del PEI. La Unidad de Planificación Institucional (UPI) informó que hasta mayo de 2026 la institución estaba en la fase de elaboración de un procedimiento formal para formulación y seguimiento del Plan. El PEI fue formulado y aprobado (diciembre de 2024) sin reglas, indicadores ni mecanismos formalizados de seguimiento y control antes de su puesta en marcha.

El PEI incluye como acción prioritaria la reestructuración organizativa y un Plan Quinquenal de Capacitación. Al cierre de 2025 el avance de la reestructuración era 10% frente al 20% programado; la estructura vigente data de 1990. Los manuales de puestos de 2016 no se implementaron. El trámite de financiamiento ante el Fondo de Preinversión de MIDEPLAN inició el 5 de junio de 2025 y, a la fecha de la auditoría, no contaba con la aprobación final del financiamiento. El INCOFER no tenía formalizado el Plan Quinquenal de Capacitación; solo existe un documento de detección de necesidades 2026.

Para pasajeros la metodología vigente data de 2008 (resolución ARESEP RRG-8873-2008). INCOFER y ARESEP trabajaron en un nuevo modelo tarifario para pasajeros; la CGR registra un avance del 60% en esa acción, pendiente de oficialización por la ARESEP e implementación por INCOFER. Para el transporte de carga la tarifa vigente se rige por la Resolución RRG-2676-2002 (datos de 2002); al cierre de la auditoría el avance en la actualización de la tarifa de carga era de 10% (el PEI esperaba 60% al cierre de 2025). ARESEP ha iniciado apertura de expediente e informe técnico preliminar para carga, en proceso desde 2025.

El INCOFER inició en febrero de 2026 el proyecto Sistema Integral de Activos Ferroviarios (SIAF) con proyección de finalizar en 2028 para levantar el inventario de activos. El avance reportado en metodologías técnicas de tasación de cánones fue 69%, exceptuando la metodología de publicidad pendiente de aprobación por el Consejo Directivo. Los permisos de uso suscritos antes de 2025 concentran el 82% de los ingresos por este concepto y requieren actualización; algunos permisos tienen más de 10 años de antigüedad. Hay 171 solicitudes de permiso de uso pendientes de trámite. La auditoría identifica la ausencia de un área funcional y de procedimientos formales para la gestión integral de permisos, y señala riesgo de discrecionalidad y pérdida de ingresos.

La falta de seguimiento del PEI, la demora en la reestructuración organizativa, la ausencia de un plan quinquenal de capacitación, la demora en actualizar tarifas y la gestión incompleta de permisos pueden poner en riesgo la alineación operativa, la optimización de recursos, la sostenibilidad operativa y financiera del INCOFER, y la ejecución de proyectos ferroviarios de alto impacto (por ejemplo, Tren Rápido de Pasajeros, Tren Huetar, Tren Pacífico Central), además de afectar la transparencia en la administración del patrimonio público.

Disposiciones obligatorias (responsables y plazos que la CGR exige acreditar): D1 (seguimiento del PEI): Ordena a la Presidencia Ejecutiva formular una propuesta de procedimiento para seguimiento y control del cumplimiento del PEI. El Consejo Directivo debe resolver sobre su oficialización e implementación. Acreditaciones ante el Área de Seguimiento de la CGR: a) ordenar la formulación, a más tardar el 25 de setiembre de 2026; b) resolver sobre su oficialización e implementación, a más tardar el 12 de febrero de 2027; c) inicio de implementación, a más tardar el 2 de abril de 2027.

Ordena a la Presidencia Ejecutiva, en coordinación con MIDEPLAN, actualizar la estructura organizativa conforme a la realidad operativa, tramitarla ante el Área de Modernización del Estado de MIDEPLAN y elaborar un plan de implementación con fuentes de financiamiento. Acreditaciones: a) orden de actualización, a más tardar el 25 de setiembre de 2026; b) primer avance de acciones para contar con la estructura actualizada y oficializada, a más tardar el 18 de diciembre de 2026; c) aprobación por el Área Modernización del Estado de MIDEPLAN y plan de implementación, a más tardar el 27 de agosto de 2027.

Ordena elaborar, formalizar, divulgar e implementar el Plan Quinquenal de Capacitación con contenido presupuestario. Acreditaciones: a) que se elaboró, formalizó y divulgó el plan, a más tardar el 18 de diciembre de 2026; b) inicio de implementación, a más tardar el 28 de mayo de 2027.

Ordena a la Presidencia Ejecutiva definir el esquema de prestación del servicio de transporte ferroviario de carga para elaborar y coordinar insumos a ARESEP que permitan el establecimiento del modelo tarifario. El Consejo Directivo deberá resolver sobre el esquema. Acreditaciones: a) presentación y definición del esquema, a más tardar el 18 de diciembre de 2026; b) orden para facilitar insumos a ARESEP, a más tardar el 19 de marzo de 2027; c) primer avance para contar con el modelo tarifario actualizado y oficializado, a más tardar el 18 de junio de 2027.

Ordena elaborar y someter al Consejo Directivo un diagnóstico técnico sobre el estado de todos los permisos de uso vigentes y pendientes, incluyendo riesgos e ingresos no percibidos, y que el Consejo Directivo resuelva sobre las acciones y responsables. Acreditaciones: a) orden de realización del diagnóstico, a más tardar el 25 de setiembre de 2026; b) resolución del Consejo Directivo sobre acciones y responsables, a más tardar el 30 de abril de 2027.

Ordena elaborar y someter al Consejo Directivo un procedimiento para la gestión integral de permisos de uso que incluya metodologías para cálculo de cánones, designación de responsables y cobro efectivo, y que el Consejo Directivo oficialice e implemente el procedimiento. Acreditaciones: a) orden de realización del procedimiento, a más tardar el 25 de setiembre de 2026; b) resolución y orden de implementación, a más tardar el 19 de marzo de 2027.

Las disposiciones responsabilizan principalmente a la Presidencia Ejecutiva del INCOFER (o quien ocupe el cargo) y al Consejo Directivo del INCOFER. Asimismo se indica la coordinación con MIDEPLAN y la obligación de proporcionar insumos a la ARESEP en los temas tarifarios, según corresponda.

La CGR recuerda que las disposiciones son de acatamiento obligatorio conforme a la Constitución Política y las leyes citadas en el informe. La CGR exige el envío de acreditaciones concretas y plazos para cada disposición al Área de Seguimiento para la Mejora Pública de la CGR. El informe indica que el incumplimiento injustificado puede ser causal de responsabilidad, y que la CGR se reserva verificar la implementación efectiva de las disposiciones.